蓝宝石之谜 剧场版由执导，并且由编剧携幕后团队创作。集众多位著名实力派明星ナディア・ラ・アルウォール：鷹森淑乃,让·洛克·罗狄克：日高のり子,玛丽·恩·卡尔斯巴古：水谷優子,格兰蒂斯·格兰巴：滝沢久美子等加盟。并于1991年在日本上映。

蓝宝石之谜 剧场版剧情讲述了蓝宝石之谜是由Gainax出品，根据儒勒·凡尔纳的巨著《海底两万里》改编的39集动画片。本作品内涵不仅深厚，而且丰富，人生观，价值观，世界观，爱情观，战争与和平，科学的价值等等均一一涵盖。叙述发生于1889年巴黎世界博览会，在埃菲尔铁塔上相遇的两人和一只─拥有神秘蓝宝石的马戏团少女娜迪亚、爱好飞机和发明的少年约翰以及娜迪亚的好友小狮子小狮王的故事。娜迪亚和约翰从觊觎她所持宝石的葛兰蒂斯一行人逃跑，并开始了寻找娜迪亚的寻找故乡之旅。途中，他们巧遇邪恶组织“尼奥亚特兰帝国”（或译新亚特兰帝国）的总统卡格伊所占据的岛屿上幸存的少女玛莉。但是，娜迪亚、玛莉和小狮王被卡格伊拐走。为了拯救他们，约翰和葛兰蒂斯三人组联手，并且和万能潜水艇鹦鹉螺号及尼莫船长等人相遇，最终还被卷入了和卡格伊的战斗。本作品的主要构成是以传说中的拥有超古代文明的大陆帝国─亚特兰蒂斯帝国为主轴，第一部为鹦鹉螺号和尼奥亚特兰双方使用从前亚特兰蒂斯人所造之先进机械来进行海底及空中战争，但第二部 为无人岛悠闲生活的故事和在非洲发生的趣事，第三部仿佛宇宙战舰大和号般的新鹦鹉螺号和尼奥亚特兰的宇宙战争。

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